La actividad investigadora de Fontilles se desarrolla en cuatro líneas centradas en el campo de la Biología Molecular mediante la detección y análisis del DNA M.leprae.
Desde el año 1922, Fontilles cuenta con un laboratorio donde, además de dar servicio a los pacientes residentes y ambulatorios, se ha desarrollado la investigación de Fontilles. Se ha ido equipando con las últimas tecnologías de cada momento y abarca las áreas de hematología, bioquímica, inmunología y microbiología. El diagnóstico de Mycobacterium leprae se lleva a cabo en el Laboratorio de Fontilles mediante las siguientes técnicas: